微生物是生物界中的一大门类其形态微小、种类繁多，且分布于世界多个地域，倘若"各行其是"，各自定名，势必造成名称上的混乱，因此，必须要有一个统一的命名方法。其命名法是遵循著名的瑞典植物学家Linneaus的"双名制"原则。命名后的名称，即为学名。以下几点说明旨在为作者标引微生物名称时，有助于对其中的斜体和正体进行区分。
"双名制"就是用两个拉丁文（古代罗马人所用文字，相当于我国古文）组成一个名字，前一拉丁文是属名，词首字母必须大写，后一拉丁文是种名，一律小写。在印刷时，学名用斜体字。如Staphylococcus aureus，前一个词是"葡萄球菌属"，后一个词是"金黄色"的意思。其"双名制"正像我们自己的姓名一样，前面冠以父姓，后面随之则是自身的名字。
如上所述，由于微生物种类繁多，往往会发生同菌异名或同名异菌的情况。为避免引起混乱，在拉丁文双名之后，有时还附上命名人的人名及其发表年份，或分离和发现此菌的地点。命名人的人名或地点一律用正体。如金黄色葡萄球菌的学名全称为"Staphylococcus aureus Bergey,1939"，又如柿饼醋杆菌的全称为"Acetobacter hoshigaki Takahashi et Asai"。学名后人名及发表年份，或分离和发现此菌的地点，在一般应用时常省略。
有时在述及某种微生物时，只提到它的属，不需提哪一个具体的种，或者此菌只有属名，而无种名时，就在属名后加"sp."或"spp."表示，如Streptococcus sp.和Flavopaeterium spp.表示链球菌属内的微生物和黄杆菌属内的一些微生物的意思。"sp."表示单数，"spp."表示复数，两者都是种（species）的缩写。"sp."或"spp."则用网名正体。
种是微生物分类学上的基本单位，种是代表一群在形态上和生理方面彼此非常相似或性状间差别微小的个体。变种（variety）是指一个微生物的种的某些特性已起明显的改变，当然这种特性的改变是与过去人们从自然界分离获得的菌种所描述的特性相比较而言的，而且这种变异的特性又是比较稳定的，我们就把这种变异的菌种，称之为变种，如粪链球菌（Treptococcus faecalis）的液化变异菌种，就称为粪链球菌液化变种（Treptoccus faecalis var.liguefaciens）, 其中"var."是"variety "的缩写，则用正体。